Il Consiglio dei PF supporta dal 2006 quattro centri di competenza tematici per la ricerca interdisciplinare, che consentono alle istituzioni attive nei rispettivi ambiti di operare in stretta collaborazione. I centri di competenza Energia e mobilità (CCEM), Ambiente e sostenibilità (CCES), Scienze dei materiali e tecnologia (CCMX) e il National Competence Center for Biomedical Imaging (NCCBI) costituiscono una piattaforma in grado di mettere in relazione ricerca fondamentale e ricerca applicata con l’intento di inviare impulsi innovativi alla società e all’economia,  e rappresentano l’interlocutore di riferimento per richieste provenienti dall’esterno.

Nel 2011 ha assegnato a loro sostegno 15,0 milioni di franchi. Il Consiglio dei PF intende promuovere i centri di competenza anche in avvenire e li ha pertanto integrati nella sua pianificazione strategica 2012–2016 quali elementi importanti per l’implementazione dei cinque capisaldi tematici. A partire dal 2013, è previsto un ritiro graduale del suo finanziamento iniziale.