Il Consiglio dei PF supporta dal 2006 quattro centri di competenza tematici per la ricerca interdisciplinare, che consentono alle istituzioni attive nei rispettivi ambiti di operare in stretta collaborazione. I centri di competenza Energia e mobilità (CCEM), Ambiente e sostenibilità (CCES), Scienze dei materiali e tecnologia (CCMX) e il National Competence Center for Biomedical Imaging (NCCBI) costituiscono una piattaforma in grado di mettere in relazione ricerca fondamentale e ricerca applicata con l’intento di inviare impulsi innovativi alla società e all’economia,  e rappresentano l’interlocutore di riferimento per richieste provenienti dall’esterno.

Nel 2010 il Consiglio dei PF ha stanziato 15 milioni di CHF per sostenere l’operato dei centri di competenza, e intende continuare nella direzione intrapresa. In virtù di questo orientamento, i centri di competenza sono parte integrante della pianificazione strategica del Consiglio dei PF per il quinquennio 2012-2016, quali elementi di rilievo nell’implementazione delle cinque priorità tematiche. Tuttavia, a partire dal 2013, il Consiglio dei PF limiterà progressivamente il proprio finanziamento d’avvio.